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导读:
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空间转录如何实现空间信息获取
空间转录组数据分析的核心流程包括数据获取与预处理、聚类与空间定位、结合组织区域与病理学特征挖掘信息,以及联合单细胞RNA测序解析细胞类型空间位置信息。具体如下:数据获取与预处理核心任务:获得测序数据后,需对图像进行处理、数据比对和Barcode处理,以获取每个芯片上每个spot的基因表达信息。
对标记的RNA分子进行高通量测序,测定其序列信息。测序技术能够高效、准确地读取RNA分子的序列,为后续的数据分析提供基础。位置信息与测序结果的匹配:结合捕获的位置信息,将测序结果对应至组织的空间位置。这一步是空间转录组测序的关键,它使得研究者能够了解不同位置细胞的转录组特征。
x Genomics Visium空间转录组实验流程包括:样本采集和寄送,样本包括新鲜、冷冻和包埋样本,要求冷冻后送样或包埋冷冻送样,准备耗材如OCT、包埋模具、无尘纸等。新鲜冷冻组织样本截面大小不超过5mm X 5mm,过大样本需分割成多个小块。
将不同发育时刻的胚胎细胞空间转录组测序数据进行整合分析,能够用于揭示组织发育的时空轨迹。


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