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导读:
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空间转录如何实现空间信息获取
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对标记的RNA分子进行高通量测序,测定其序列信息。测序技术能够高效、准确地读取RNA分子的序列,为后续的数据分析提供基础。位置信息与测序结果的匹配:结合捕获的位置信息,将测序结果对应至组织的空间位置。这一步是空间转录组测序的关键,它使得研究者能够了解不同位置细胞的转录组特征。
x Genomics Visium空间转录组实验流程包括:样本采集和寄送,样本包括新鲜、冷冻和包埋样本,要求冷冻后送样或包埋冷冻送样,准备耗材如OCT、包埋模具、无尘纸等。新鲜冷冻组织样本截面大小不超过5mm X 5mm,过大样本需分割成多个小块。
将不同发育时刻的胚胎细胞空间转录组测序数据进行整合分析,能够用于揭示组织发育的时空轨迹。例如,整合分析小鼠胚胎不同发育时刻的数据,能够揭示卵巢和肾脏等器官的时空发育轨迹。整合分析能够探测异常区域和异常细胞 在临床病理研究上,数据整合可以辅助确定异常区域。
空间定位记录:抗体结合后,对组织进行荧光成像,标记蛋白质的空间坐标。mRNA逆转录:引入逆转录试剂,将mRNA转化为cDNA,保留转录组信息。条形码连接与扩增 cDNA标记:通过PDMS芯片在cDNA中添加空间条形码,区分不同位置的mRNA。连接反应:涂抹连接混合液并孵育,确保条形码与cDNA高效结合。
主流技术体系与特征空间转录组学形成两大技术体系,适用于不同研究场景:基于测序的技术:原理:通过空间条形码标记mRNA,经逆转录、扩增后测序解析位置信息。代表平台:10x Visium HD:2μm捕获区域,单细胞分辨率。BGI Stereo-seq:0.5μm亚细胞分辨率,13cm×13cm超大视场。


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