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空间转录如何实现空间信息获取

1、空间转录组联合单细胞测序可通过整合两种技术的互补优势,结合特定算法或模型分析,实现细胞类型鉴定与空间位置信息的对应,从而阐明细胞类型及其空间分布。具体如下:两种技术的互补性空间转录组技术:能获取不同转录本的空间位置信息,但目前技术达不到单细胞分辨率水平。

2、空间转录组测序服务通过在组织原位检测全转录组基因表达,可同步获取基因表达水平及空间位置信息,直接揭示组织内不同功能区的基因表达差异,是探索基因表达空间信息的关键技术。

3、核心步骤拆解 第一步:捕获单细胞信息——用微流控或激光显微切割技术分离单个细胞,保留其RNA(遗传活动信号)。 第二步:标记空间坐标——通过特殊玻片或荧光探针,给每个细胞所在位置打上“条形码”(例如网格坐标)。

4、原位杂交:通过化学或荧光信号标记能够与特定转录本特异性结合的探针序列,在杂交后检测探针上的化学或荧光信号,利用成像技术获得基因的空间表达信息。如smFISH、MERFISH和Nanostring CosMx SMI等技术。

5、空间转录组(Spatial Transcriptomics,ST)测序技术则能在保留样本空间位置信息的同时,采用测序技术获得基因表达数据,从而更全面直观地分析组织结构。通过分析不同细胞类型、细胞亚结构或组织中的表达模式差异,解析这些差异如何影响细胞功能、组织发育和生物学过程。

6、通过数据分析,可以获得包含精确空间位置信息的转录组数据。这些数据为研究细胞在组织中的分布、功能以及相互作用提供了重要依据。以基于微阵列的空间转录组测序技术为例: 载玻片上排列着大量的捕获探针,这些探针能够特异性结合特定的RNA分子。

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