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本文目录一览：

• 1、泛基因组构建的最小数据要求？

泛基因组构建的最小数据要求？

泛基因组染色体长度较TAIR10参考基因组延长高达63-76%。缺失的多态性与参考基因组偏倚多态性遗漏：基于拟南芥数据系统评估了以往重测序数据中遗漏的多态性。此前“1001基因组计划”利用短读段仅检测到部分SNP和短SV，平均覆盖率约为84%，导致25-45%的SNP变异未被识别。

迭代组装：将多个样本的测序数据比对到参考基因组，添加未比对的reads构建泛基因组。多个体De novo组装：对多个样本同时进行组装，识别存在/缺失变异。图形基因组：将物种基因组分为可变与核心区域，以更直观地展示泛基因组的结构。

基因组组装Contig N50最高达到48 Mb。

泛基因组的构建可以通过监督式（supervised）或非监督式（unsupervised）方法进行。

南京农业大学宋庆鑫教授团队通过对九种广泛消费的食用豆类进行基因组从头组装及泛基因组分析，揭示了豆科作物多样化的分子机制，包括根瘤共生相关基因的演化、基因扩张与丢失、趋同选择、转座元件驱动的基因组扩张以及调控元件的演化，为豆类遗传改良提供了宝贵的基因组资源。

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