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导读:
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空间转录如何实现空间信息获取
对标记的RNA分子进行高通量测序,测定其序列信息。测序技术能够高效、准确地读取RNA分子的序列,为后续的数据分析提供基础。位置信息与测序结果的匹配:结合捕获的位置信息,将测序结果对应至组织的空间位置。这一步是空间转录组测序的关键,它使得研究者能够了解不同位置细胞的转录组特征。
向切片中加入特定探针,这些探针能够与目标RNA序列结合。通过一系列生物化学步骤,捕获并扩增这些RNA,以便进行后续的测序分析。高通量测序:使用高通量测序技术对提取的总RNA进行深度测序。这一步的目的是获取每个位置的转录组信息,即每个基因在不同空间位置的表达水平。
功能:DNB作为空间标记载体,将RNA的捕获与位置信息绑定,实现空间转录组分析。
空间基因 空间基因指的是在特定空间位置上表达的基因。这些基因的表达模式能够反映组织或器官的功能分区、细胞类型分布以及细胞间的相互作用。通过空间转录组学技术,我们可以获取组织或器官中每个空间位置上的基因表达谱,进而分析不同区域间的基因表达差异。
TruSeq Read 1与Read 2实现paired-end测序,获得cDNA+HDMI的信息。与1st-Seq的空间坐标匹配,实现空间转录组重建。技术优势高分辨率:HDMI pixel间距约为0.6μm,比VISIUM(100μm)、Slide-Seq(10μm)等技术高出数十倍。
相邻图的参数调整允许用户对空间信息确定不同的权重,以便准确识别空间域。计算速度快,内存利用率高。


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